Choć od zabójstwa księdza Jerzego minęły 24 lata, wolna Polska nie zdobyła się na odwagę wyjaśnienia tajemnicy jego śmierci. Porozumienie z komunistami, zawarte przez grupę samozwańczych reprezentantów narodu, dotyczyło również zapewnienia bezkarności zbrodniarzy sowieckiego reżimu. Za cenę dopuszczenia do władzy, grupa ta weszła w zmowę z komunistami, w sprawie zbrodni na księżach Niedzielaku i Suchowolcu, zamordowanych tuż przed „okrągłym stołem", do których wkrótce dołączył ks. Sylwester Zych, zabity już w trakcie obrad. Również sprawa księdza Popiełuszki została objęta hańbiącym zapisem milczenia i do chwili obecnej nie może zostać wyjaśniona.
Ten brak politycznej woli sprawia, że nikomu nie zależy dziś na dotarciu do prawdy. Ludzie - jak prokurator Andrzej Witkowski, którzy w swoich dociekaniach zbliżyli się do odkrycia mechanizmów zbrodni, zostali, decyzją polityków odsunięci od sprawy. Od lat prokurator Witkowski badał funkcjonowanie w latach 1956 - 1989 w strukturach MSW związku przestępczego, który dopuszczał się zbrodni i zabójstw na działaczach opozycji politycznej i duchowieństwa. Zamiarem śledztwa było ustalenie zarówno bezpośrednich sprawców morderstw (takich jak Grzegorz Piotrowski i inni funkcjonariusze Departamentu IV), jak i ich mocodawców. Już w 1991 r. prokurator Witkowski chciał objąć zarzutami gen. Jaruzelskiego i Kiszczaka lecz nagle został odsunięty od sprawy. Do śledztwa wrócił po 10 latach, w 2001 r. jako prokurator lubelskiego IPN, prowadzący śledztwo w sprawie okoliczności śmierci ks. Popiełuszki. W wywiadzie zamieszczonym w "Biuletynie IPN" (styczeń 2003 r.) ujawnił notatkę znalezioną w dokumentach Urzędu ds. Wyznań z sierpnia 1984 r., w której Jaruzelski polecił "wzmóc działania wobec ks. Popiełuszki". Po tego typu stwierdzeniach, w roku 2004, Witold Kulesza, dyrektor Głównej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu, odsunął Witkowskiego od prowadzenia śledztwa. Chciałoby się zapytać - czy zabierając mu sprawę, mimowolnie nie ocalił mu życia?
Dzieję się, bowiem tak, że niemal do chwili obecnej giną lub są zastraszani ludzie, którzy chcieli rozwiać tajemnicę mordu na ks.Jerzym lub byli niewygodnymi świadkami zdarzeń.
Włocławscy płetwonurkowie, poszukujący w Wiśle ciała ks.Jerzego, zeznali, że pierwszym, który je odnalazł był Krzysztof Mańko - płetwonurek z Wrocławia. Wbrew wszelkim oficjalnym wersjom, miało to nastąpić już 26 października 1984r. Krzysztof Mańko nie chciał z nikim o tym rozmawiać, był przerażony i zastraszony. Niemal natychmiast po zdarzeniu, bo już 1 listopada 1984r. wyjechał z Polski. Obecnie mieszka w Grecji i nawet nie chce słyszeć o powrocie.
30 listopada 1984 roku w Białobrzegach wydarzył się tajemniczy wypadek drogowy. W jadącego od strony Krakowa fiata, uderzył rozpędzony Jelcz. Na miejscu zginęli dwaj pasażerowie fiata i ich kierowca. Nie wszczęto żadnego dochodzenia, by wyjaśnić okoliczności wypadku, nie podjęto jakiejkolwiek próby odnalezienia ciężarówki, ani zidentyfikowania jej kierowcy. W wypadku zginęli dwaj milicjanci - płk Stanisław Trafalski i major Wiesław Piątek. Wracali z południa Polski, gdzie kilka tygodni wcześniej badali działalność i powiązania Grzegorza Piotrowskiego, Leszka Pękali i Waldemara Chmielewskiego. Ze wszystkich czynności sporządzali raporty i notatki, które wieźli w bagażniku fiata. Dokumentacji tej nigdy nie odnaleziono. Nieodparcie nasuwa się skojarzenie z „wypadkiem" jakiemu w roku 2004 uległ Marek Karp, twórca Ośrodka Studiów Wschodnich. Metoda „na wypadek" była jednym ze sposobów likwidacji, stosowanych przez KGB.
W czasie sądowej farsy - „procesu toruńskiego" mecenas Andrzej Grabiński, pełnomocnik rodziny Popiełuszków zapowiedział apelację, zamierzając dowieść licznych błędów i uchybień procesowych. Tuż przed upływem terminu złożenia apelacji, w domu na Saskiej Kępie w Warszawie, należącym do rodziny Grabińskich wybuchła bomba, zabijając na miejscu 25-letnią Małgorzatę Grabińską. Podczas śledztwa okazało się, że właścicielem domu nie był mecenas Grabiński, a zbieżność nazwisk była przypadkowa. Po roku 1989 zginęły materiały ze śledztwa w tej sprawie.
W roku 1996 w białostockim szpitalu zmarła Jadwiga Popiełuszko - żona Józefa Popiełuszki, brata ks. Jerzego. W akcie zgonu, jako przyczynę śmierci wpisano: "Zatrucie alkoholem metylowym". Jego stężenie znacznie przekraczało dawkę śmiertelną. Jadwiga Popiełuszko nigdy nie piła alkoholu. Pomimo starań rodziny, nie udało się wykonać sekcji zwłok. Lekarz, który jako pierwszy oglądał ciało zmarłej, widział na przedramionach ślady po nakłuciach. Sprawy nie wyjaśniono do dnia dzisiejszego.
To tylko niektóre z przykładów działalności „nieznanych sprawców", którzy przez lata zabiegali, by nikt nie zbliżył się do prawdy o śmierci kapłana. Ich staraniom „patronują" ludzie, którzy podczas obrad „okrągłego stołu" postanowili ukryć przez Polakami zbrodniczą przeszłość komunistycznej policji politycznej, a decydentów niezliczonych morderstw nazwać „ludźmi honoru".